您好，如果有巧克力囊肿的问题，是会影响怀孕的。因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，在月经期时，由于囊肿内积压增加，会压迫到输卵管，进而影响正常的排卵，所以会导致女性怀孕比较困难。如果有巧克力囊肿的女性，最好尽早要孩子，这样还对治疗巧克力囊肿有一定好处。如果因为巧克力囊肿问题一直没能成功怀孕，建议先治疗巧克力囊肿的问题，然后再考虑怀孕的事情。