是否移植嵌合体胚胎需要考虑多方面因素，例如PGD的检测方法、嵌合程度、嵌合发生在哪条染色体、患者的要求等。一些实验室用截点值来区分嵌合型胚胎是正常或异常，通常把异常细胞的截点值定为40%或50%，但是这样容易出现假阳性(浪费正常胚胎)和假阴性(导致误诊和可能的并发症)。嵌合体是除了整倍体和非整倍体以外的第三种胚胎类型，在移植级别中次优于整倍体胚胎。 如果没有整倍体胚胎，根据患者的需求，进行遗传咨询，在充分了解风险和知情同意的情况下，可以考虑移植嵌合体胚胎。对于移植嵌合体胚胎妊娠的患者，建议行产前诊断。 检测出嵌合体问题的囊胚，医生一般不建议客户进行移植，除非患者已无其余可移植胚胎，且患者家庭已明确知道嵌合体囊胚移植后的风险，并签订相关知情同意书后医生还得视囊胚嵌合比例情况而定才可进行移植。而且，理论上所有嵌合体囊胚移植后都应该定期检查胎儿的染色体核型，并且对孩子的发育进行长期随访。 PGDIS指南建议，对于移植嵌合胚胎妊娠的女性需做羊水穿刺进行产前诊断。仅进行无创产前检查和绒毛活检是不够的，除了检查滋养层细胞，也需要检测内细胞团的发育情况，才能较为准确了解胎儿的发育健康情况。​​​​