大家都知道怀孕的第一步就是男性精子和女性卵子的结合形成受精卵，试管婴儿也是一样，区别就在于试管婴儿是用人工的方式帮助精子和卵子结合后并移植回体内，所以无论是自然怀孕还是试管婴儿，精子和卵子的质量都非常重要，因为试管婴儿技术只是起到助孕的目的，而精子和卵子质量才是本质。
二代试管会剔除畸形精子，造成男性畸形精子的原因有很多，如泌尿生殖道感染、睾丸炎、精索静脉曲张等，都会造成男性畸形精子增加，影响精子质量，一般正常形态的精子数量越多，男性的孕育能力就越强。一般二代试管适用于严重的畸形精子多造成的畸形精子症不育，就是踢出畸形精子选择出优质的精子然后将单个精子通过显微注射的方式注入卵泡浆内，让精子和卵子被动结合受精形成受精卵。
畸形精子不会导致畸形胎儿。
胎儿畸形与精子畸形并不是一回事。畸形精子只是形状不正常，也就是不够帅的精子，精子大军压境，只有英俊者才能胜出，那些不帅的精子，是没有机会遇见卵子妹妹的，也就不指望它们生娃了。
精子内在质量才是影响胚胎质量的主要因素。单纯精子畸形率高不会导致胎儿畸形，只有部分畸形精子症患者存在精子DNA碎片率高、染色体异常等疾病，才会造成胎儿畸形。此外，影响胎儿畸形的主要因素是遗传性因素和母亲怀孕时受环境因素的影响。
在试管治疗中，医生也会制定一套系统的调理方案，从用药、饮食、运动等多方面改善精子畸形率，
最后挑选形态正常、活力较强的精子与卵子结合，
因此精子畸形与胎儿畸形并没有直接的联系。
对于精子畸形率99%能否做二代试管来说，只要是有一个正常的精子就是可以的，这个是没有问题的，所以主要还是看精液中能否提出健康正常的精子。
精子畸形率为99%，这是一种非常严重的精子异常疾病，正常怀孕的可能性很小。目前多可以采用第二代试管体外受精技术，但具体成功率可能会被拉低，主要还是精子正常的数量过少，在体外受精做单精子注射时，可用精子过少则成功率会降低很多。患者需要到正规医院检查病因，然后有针对性的治疗，先提高精子的质量，从而提高试管婴儿的成功率。
首先不要考虑做试管，即使做试管也是需要正常的精子的，男性的精子畸形率比较高这也是可以治疗的。建议先正规的生殖医院针对男性精子畸形进行治疗调理，养成好的生活习惯，保持好心情，多吃含精氨酸及蛋白质食物，多去户外运动。
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