第三代试管婴儿技术是能够分辨出胚胎的性别的，但是为了保持男女正常的性别比例，我国已经明文规定禁止任何形式的非医学必需的胎儿性别鉴定。国内使用第三代试管是为了帮助有遗传病史、染色体异常等条件合格的试管家庭，能够正常自然怀孕是不允许借助此试管技术的。并且该项技术非医学需要是不得选择胎儿性别，只有患有家族遗传病史，证明患有某些只传男不传女或只传女不传男的疾病，医院才会批准申请，否则选性别即为违法。
不孕不育夫妻任何一方患有严重伴性遗传疾病时，经批准可通过第三代试管婴儿对性别进行筛选，否则根据国家规定禁止选择性别。
1、X伴性显性遗传病
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伴X显性遗传病，是指这种疾病主要是通过性染色体导致子女发病。而且子女当中发病的几率比较大，尤其是父母双方都发病的情况下。
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2、X伴性隐性遗传病
这类遗传性疾病是由位于X染色体上的隐性致病基因引起的，女子的两条X染色体上必须都有致病的等位基因才会发病。但男子因为只有一条X染色体，Y染色体很小，没有同X染色体相对应的等位基因。因此，这类遗传病对男子来说，只要X染色体上存在有致病基因就会发病。
3、血友病
该症是一种先天性出血性疾病，它是由于X染色体上的隐性致病基因导致血液中缺乏一种凝血因子——抗血友病球蛋白或血浆凝血活素因子引起的。男性患者一般很少能活过20岁，所以女性为致病基因纯合体的机会极少。
4、Y伴性遗传病
这类遗传病的致病基因位于Y染色体上，X染色体上没有与之相对应的基因，所以这些基因只能随Y染色体传递，由父传子，子传孙，如此世代相传。因此，被称为全男性遗传。到目前为止，仅发现Y伴性遗传病10余种，这主要是因为Y染色体很小，其上的基因有限的原故。这类遗传病没有显、隐性的区别，只要Y染色体上有致病基因的男子，就会发病。
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