小儿的内在因素对睡眠也有影响：大脑神经发育尚未成熟。孩子生理上尚未建立固定的作息时间表。宝宝生物时钟日夜规律的调整，要倚赖宝宝生理成熟度的配合。 调查表明，神经系统兴奋性较高的宝宝，生理成熟度往往晚些，容易出现睡眠不安的情况。这种宝宝相对睡眠好的宝宝，性格可能更趋向活跃、外向、敏感。
人的睡眠分为深度睡眠和浅度睡眠，夜间约3-4小时交替一次。婴儿和幼儿同样，可能深睡和浅睡的交替时间更短一些，约2-3小时交换一次。大人和许多睡整夜觉的宝宝，在浅度睡眠到来时，可以较好地自我调整，重新进入深度睡眠。而也有许多小宝宝甚至许多大人，无法自我调整入睡，所以就从浅度睡眠中醒来。 许多正在吃母乳的宝宝，无法自我调整，心理渴望爱抚，妈妈的乳房无疑是她最大的安慰。当然，有时抱睡、边走边摇等也会有效。尤其随着神经系统的发育和大脑皮层活跃，宝宝越长大越容易无法自我调整。这就是宝宝在四、五个月之后反而睡觉比小时候还要差、醒的次数还要多的原因。 排除掉渴饿冷热缺钙腹胀出牙兴奋等等外在因素之后，你的睡不好觉的宝宝，也许只是因为大脑皮层活跃，无法自我调整进入深睡状态。在断奶之后，或随着宝宝的成长，这些现象总归会解决的。
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