干细胞可明显抑制T淋巴细胞的活化、增殖和细胞因子分泌，干扰B淋巴细胞成熟和抗体分泌，抑制NK细胞的功能，影响树突状细胞的成熟等;另外，它还可显著上调Treg细胞比例，表现出强大的抗炎能力。
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临床上非常棘手的自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、强直性脊柱炎或桥本甲状腺炎等，干细胞治疗均具有较大的免疫调节作用，调节体内过激或异常的免疫系统，平衡免疫，这些疾病的患者有望能从中受益。
目前，干细胞治疗已在神经系统、运动系统、内分泌系统、肝肾系统、呼吸系统和心脑血管系统等多个系统疾病做出了有益的尝试，为各种疑难杂症带来了新的临床策略。干细胞治疗的临床应用飞速发展，干细胞治疗已被誉为继药物和手术之后的第三次医学革命，可见它在临床医学上的重要性!
干细胞治疗的目的就是用功能性强的干细胞取代或修复功能较差的组织或器官。为了实现治疗目的，干细胞要做到:能够通过循环或原位注射到达病灶;在病灶内存活和增殖;能够抗炎或修复;
干细胞治疗已受到全球政府、科研界、资本的关注与重视，成为了各国努力争取的软实力资源，面对这个充满无限可能的新技术，大家力争掌握更多的核心技术，提高竞争力。国外已有多款干细胞新药上市，适应症包括了阿尔茨海默症、软骨损伤及骨修复、运动神经元病、GVHD、克罗恩病、心肌梗塞和严重下肢缺血等。
1.全面改善新陈代谢功能
新陈代谢是人体生命活动的物质基础。细胞是生命活动的基本单位，各种新陈代谢和能量转化都是在细胞内进行的，因此细胞功能的好坏直接影响机体的新陈代谢功能。干细胞是成人各种细胞更新的来源，组织、器官的各种成体干细胞的质和量决定新陈代谢的功能和水平。干细胞对新陈代谢有重要的调节功能。干细胞抗衰老保健策略能提高机体对各种脂蛋白的代谢功能，有效降低血中总胆固醇、甘油三酯和低度脂蛋白浓度，并具有减少血脂、降低血糖和减肥的功效，对心血管病、肥胖和糖尿病的预防有重大价值。
2.改善免疫功能
免疫是人体抵抗疾病，尤其是清除进入人体的病原微生物(细菌、病菌、寄生虫等)和监控、杀灭肿瘤细胞的关键因素。因此，免疫系统是人体的防卫部队，免疫细胞则是这个防卫部队中的战斗员。老年人由于免疫细胞减少，免疫细胞活性降低，抗病能力下降，因而容易发生肿瘤和其它疾病。免疫功能衰退是衰老的重要标志之一，而干细胞可以有效提高人的免疫功能，因此，干细胞是维护人身体健康和衰老的最有效措施之一。
3.细胞再生和组织修复
局部细胞和组织损伤后，机体对损伤所形成的缺损进行修补恢复的过程称修复。修复是机体抗损伤的表现，组织修复主要是通过再生来完成的。再生是体内细胞或组织损伤后，由邻近健康细胞分裂增殖来修补的过程。
4.在重大难治疾病上的应用
以干细胞治疗为核心的再生医学，在神经、血液、心血管、生殖等系统和肝、肾、胰等器官的重大疾病治疗方面发挥重要作用。
5.抗衰老
人的年龄增长，随之体内能够更新细胞的功能性干细胞数量降低。此时，如功能性干细胞被回输到体内，不但可以修复老化的细胞，制造新细胞，更可以激发体内其他沉睡的细胞活性，改善人体微循环，让人体由内而外散发青春活力，从根源上延缓机体衰老。
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